水文勘探队下设经营实体四个:地质勘查工程公司、特钻工程公司、市政工程公司、工勘测绘院。
管理部门12个:党政办公室、经营管理部、财务部、劳动人事部、组织部、工会、纪检监察室、宣传部、审计室、安全质量部、工程技术中心(市场开发部)、器材装备部。
后勤保障部门3个:后勤服务中心、物探测井中心、设备维修厂。